ناهنجاری های ساختاری کروموزومی ناشی از شکست و الحاق مجدد قسمتی از کروموزوم می باشد که ممکن است این بازآرایی متعادل به این معنا که ماده ژنتیکی از دست نرفته و یا بدست نیامده است و یا نامتعادل به این معنا که مقدار ماده ژنتیکی دچار حذف و اضافه شده است. بازآرایی های متعادل عموما بی ضرر هستند به استثنای مواردی که نقاط شکسته شده به عملکرد یک ژن آسیب برساند و یا در بیان ژن مجاور تاثیر بگذارد. انواع این ناهنجاری ها عبارتند از: 

•  

  1. Deletions

  2. Translocations

  3. Insertions

  4. Invertion

  5. Ring chromosomes

  6. Isochromosomes